沿革
国立病院機構まつもと医療センターは、平成２０年４月に経営母体を同じくする松本病院と中信松本病院が組織統合してできた病院です。それまで、松本病院と中信松本病院は国が運営する公的な病院として、それぞれの時代のニーズに応じた役割を果たしてきました。
松本病院は、明治４１年の松本衛戍（えいじゅ）病院としての創設に遡ります。昭和１１年に松本陸軍病院となり、戦後に厚生省に移管されました。
中信松本病院は、平成８年に松本城山病院と東松本病院の二つの国立療養所が東松本病院として統合して発足しました。松本城山病院は昭和１５年の長野県立結核療養所、東松本病院は昭和１９年の日本医療団御母家奨健寮の創設がそれぞれの発祥の母体となりました。
平成１６年４月に両病院は独立行政法人国立病院機構に移管し、それぞれ国立病院機構松本病院、国立病院機構中信松本病院となりました。
平成２０年４月に両病院は組織統合して国立病院機構まつもと医療センターとなり、一組織２病院での運営が始まりました。
平成３０年５月１日中信松本病院が松本病院のある村井の地に移転し、国立病院機構まつもと医療センターの一体化が完成し、今日に至ります。