小児科は広くお子さんへの内科診療を行っています。在籍している小児科医はそれぞれ専門性を活かしながら診療しており、腎疾患、神経疾患、内分泌・代謝疾患、消化器疾患、循環器疾患、免疫アレルギーの診療に力を入れています。松本広域圏（松本市、塩尻市、安曇野市、東筑摩郡）の休日・夜間の救急二次輪番制では、当院が半数以上を担当しています。救急医療は単独の施設で十分行えるものではないことから、地域の他の病院、開業小児科・内科医、松本市夜間急病センターと連携して、地域の小児救急体制の充実に寄与しています。

外科では消化器疾患、腹壁疾患、乳腺疾患、甲状腺疾患などを中心に外科治療にあたっています。具体的には食道、胃、小腸、大腸など消化管や肝臓、胆道、膵臓などの消化器系の悪性腫瘍、鼠経ヘルニアや腹壁瘢痕ヘルニア、胆嚢結石症などの良性疾患を対象としています。腹部外傷、腸閉塞、急性虫垂炎、急性胆嚢炎などの救急疾患に対しても当院救急科や消化器内科、近隣の医療機関と連携し、365日24時間体制で緊急入院や緊急手術などの対応を行っています。

整形外科は、外傷、四肢や脊椎の疾患、骨軟部に発生する腫瘍の外科的治療を中心に行う診療科です。主に骨折などの外傷の手術治療、手のしびれを主訴とする手根管症候群、肘部管症候群に対する上肢の末梢神経に対する手術、骨軟部腫瘍の外科的治療を中心に、骨粗鬆症の治療や肩関節疾患のリハビリテーションなどの分野にも力を入れて診療にあたっています。
令和6年度の実績では、最も多い疾患が高齢者の大腿骨近位部骨折の手術入院の患者さんで、2番目に多いのが胸椎や腰椎脊椎骨折の保存治療です。
※平均在院日数については、地域包括ケア病棟への転棟後の日数が含まれています。
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呼吸器外科では肺や縦隔、胸壁などの疾患に対して外科治療を行っています。3人の呼吸器外科医が呼吸器内科医、放射線治療医と協力して、チーム医療を基本とし診療を行っています。治療対象となる主な疾患には、肺がん、気胸、膿胸、肋骨骨折などの胸部外傷、胸腺腫などの縦隔腫瘍、胸膜中皮腫があります。また、限られた患者さんではありますが、転移性肺腫瘍（他臓器原発のがんが肺に転移したもの）を外科治療することもあります。患者さんの早期社会復帰を目指して、体に負担の少ない低侵襲な胸腔鏡手術を基本としております。
肺の悪性腫瘍の手術入院の平均在院日数は全国平均に比べ約１.8日短い8.02日となっています。2番目に多い疾患は気胸の手術入院で、平均在院日数は全国平均と比べ約2.8日短く6.8日で退院されており、両症例とも全国平均より短い入院期間となっています。
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泌尿器科では、泌尿・生殖器系の悪性腫瘍や良性腫瘍、感染症、尿路結石、先天奇形、外傷、神経因性膀胱、過活動膀胱、EDなど泌尿器疾患全般の診療を行っています。泌尿・生殖器系の悪性腫瘍に対しては手術治療を基本としていますが、状況に応じて放射線や抗がん剤を併用した集学的治療も行い、治癒や延命・苦痛の軽減をはかります。また、創の小さい体腔鏡手術にも積極的に取り組んでいます。
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呼吸器内科病床は50床で、うち21床が結核病症です。結核に関しては中南信地方の結核患者さんの入院を担っています。疾患としては肺癌、間質性肺炎、結核・非結核性抗酸菌症などの呼吸器感染症を中心に診ております。

循環器内科では、心臓や血管の疾患の診断・治療にあたっています。具体的に心臓疾患とは、心臓弁膜症、心筋・心膜疾患、虚血性心疾患、不整脈、高血圧性心疾患などです。また、それらが増悪して心臓の働きが低下した状態、つまり心不全と呼ばれる病態も扱います。

2015年6月に血液病センターを開設し、白血病、悪性リンパ腫、多発性骨髄腫に代表される造血器腫瘍、再生不良性貧血、特発性血小板減少性紫斑病など様々な血液疾患の診療にあたっています。骨髄移植に代表される造血幹細胞移植については、自分の造血幹細胞を移植する自家移植が2014年11月から開始され、兄弟など自分以外から移植する同種移植が2016年6月に開始されました。2017年3月には20床の無菌病床を含む新病棟が完成し、白血球が著明に減少する急性白血病の化学療法（抗癌剤治療）や、造血幹細胞移植もより安全に行えるようになりました。また当院は長野県のエイズ治療拠点病院に指定されており、HIV感染症の専門外来も開設しています。

消化器内科は食道･胃･大腸・小腸などの消化管に関係する一般的な内視鏡検査とがんなどの腫瘍性病変に対する内視鏡的切除と、同じ消化器として膵臓・胆管（胆のう・肝内胆管・総胆管）の病気に対して内視鏡的膵胆管造影（ERCP）の手技を用いた診断・治療、内視鏡の先端に超音波装置がついている超音波内視鏡(EUS)を用いた診断・治療などを行っています。

1型糖尿病、2型糖尿病、メタボリックシンドローム、各種内分泌疾患（甲状腺・副腎・副甲状腺・下垂体など）の診療を行っております。
糖尿病に対する入院も行っており、自己管理を支援するため、多職種（看護師・管理栄養士・薬剤師・理学療法士など）と連携して診療を行います。最新のインスリン注射療法（インスリンポンプ含む）や間歇スキャン式持続血糖測定器（フリースタイルリブレ）の導入も可能です。内分泌疾患では、バセドウ病、橋本病、甲状腺腫瘤、副甲状腺疾患、下垂体機能低下症を含む下垂体疾患、原発性アルドステロン症、クッシング症候群、褐色細胞腫などの診療を行っております。当院で治療困難な疾患や外科治療が必要な内分泌疾患（甲状腺癌、下垂体腫瘍など）は、他施設と連携して治療を行います。
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腎臓内科では、腎臓に関する病気の診療に当たっています。ただし、腎臓癌などの腎臓腫瘍は泌尿器科の担当になります。
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鼡径ヘルニア手術は状況により体への負担が少ない腹腔鏡下の切除を積極的に行っています。また胆石・胆嚢炎に対する腹腔鏡下胆嚢摘出術も多く行われています。

整形外科では高齢者に多い骨折（大腿骨）の骨折観血的手術や人工骨頭挿入術（股）が多く、次に骨折観血的手術（前腕）の手術が多く行われています。
※平均在院日数については地域包括ケア病棟への転棟患者さんが含まれております。

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呼吸器外科では肺の悪性腫瘍（手術コードで細分化されています）の手術や気胸の手術が多く行われています。小さな肺がんを安全に切除するため、全国に先駆けて術中超音波診断装置を用いて肺部分切除や区域切除などの外科治療を行っています。
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泌尿・生殖器系の悪性腫瘍に対しては手術治療を基本としていますが、状況に応じて放射線や抗がん剤を併用した集学的治療も行い、治癒や延命・苦痛の軽減をはかります。また、創の小さい体腔鏡手術にも積極的に取り組んでいます。
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循環器内科では心疾患に対して主にペースメ－カーの移植術や交換術を行っています。近年の高齢化社会により心不全の患者さんは増えており、同手術の施行平均年齢も80代後半と高くなっています。
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血液内科では造血器腫瘍に対する抗癌剤投与のためにCVポートを植込む手術が多く行われています。
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消化器内科では内視鏡的胆道ステント留置術や内視鏡的乳頭切開術、消化器系の腫瘍性病変に対する内視鏡的切除として大腸ポリープの切除が多く行われています。

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